亳州职业技术学院有药学院、医学院、信息工程系、教育与管理学院、智能工程系、建筑工程系、马克思主义学院、继续教育学院等院系，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布的信息为准。

1、院系设置
药学院

医学院

信息工程系

教育与管理学院

智能工程系

建筑工程系

马克思主义学院

继续教育学院

2、亳州职业技术学院简介
亳州职业技术学院（Bozhou Vocational and Technical College），坐落于安徽省亳州市，是全日制公办普通高等职业院校，中华全国总工会“职工教育培训示范点”、安徽省中药天然药专业委员会主任委员单位、安徽省中医药现代化研究会中药分会会长单位、安徽省亳文化研究会研究基地。

学院于2003年6月由安徽教育学院亳州教学点、合肥工业大学亳州教学点和亳州工业学校组建而成。