云南农业职业技术学院有农学与园艺技术学院、畜牧兽医学院、食品药品与大健康学院、工程学院、经济管理学院、互联网技术学院、创新创业学院、云安产业学院、马克思主义学院、基础部（体育工作部、公共艺术教育部）等学院，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布的信息为准。

一、学院设置
序号    教学部门
1    农学与园艺技术学院
2    畜牧兽医学院
3    食品药品与大健康学院
4    工程学院
5    经济管理学院
6    互联网技术学院
7    创新创业学院
8    云安产业学院
9    马克思主义学院
10    基础部（体育工作部、公共艺术教育部）
二、云南农业职业技术学院简介
云南农业职业技术学院（Yunnan Vocational and Technical College of Agriculture）是经云南省人民政府批准、国家教育部备案的全日制公办普通高等学校，是国家优质高职院校、云南省示范性高等职业院校，为全国新型职业农民培育示范基地、全国现代学徒制试点单位、农业部“中国-缅甸农业技术培训中心”。
学校前身是始建于1904年的云南蚕桑学堂。2002年，经云南省人民政府批准，由原云南省农业学校和云南省畜牧兽医学校合并组建云南农业职业技术学院。2018年，云南省种畜繁育推广中心、云南省种禽繁育推广中心和云南省原种猪繁育推广中心并入学院，并加挂云南省种畜繁育推广中心。