卫生与安全
公共卫生方面，在没有中央政府补助的状况下，台北市的家户接管普及率由1998年的28.8%提升到2008年五月的88%，改善大台北地区的河川污染问题。而与水费分开收取的垃圾费随袋征收实施，提高了台北市资源回收率，以回收比率来看，1999年，也就是实施垃圾费随袋征收前，资源回收比率是7.83%，实施垃圾费随袋征收后，2003年底资源回收比率成长到28%；从开始实施垃圾费随袋征收后，台北市的总废弃物量，也从1999年的26公吨，减少到2004年的12公吨。
2003年SARS期间和平医院爆发严重院内感染，北市府组成专案调查小组，检讨出院内感染的主要原因有三点: 一、在刘姓洗衣工发病后至通报前未采适当隔离措施。二、警觉性不够。三、防护措施未能严格落实执行。因而导致院内感染而封院，并且召回医护人员。在行政院要求下，和平医院即召回九百卅名员工，集中隔离，相关人员家属则采居家隔离，和平医院医护人员及员工计有57人疑似感染，其中7人死亡，50人住院，民众部分则有97人疑似感染，24人死亡。当时的市立和平医院林重威医师在治疗染煞洗衣工时，受感染而牺牲，林父要求台北市政府为封院政策不当道歉，并求偿一元。最后法律判决，由国家赔偿748万元。
马英九市府推动市立医院整并，将10家市立医院整并成一家市立联合医院，市医整并之后因为议价能力提高，一年的药价成本节省了6亿5000万元。不过，台北市立联合医院成立不久却发生了邱小妹妹人球案，遭受邱父虐伤的邱小妹妹无法在拥有丰沛医疗资源的台北市救治，转送到台中县童综合医院急救而脑死，卫生局长张珩为此下台负责
中国国民党主席
主条目：2005年中国国民党主席选举
2004年中华民国立法委员选举过后，连战宣布不再续任中国国民党党主席。2005年2月被视为国民党接班人的马英九宣布参选，而立法院长王金平在连战多次表示不再续任以后，宣布参选。2005年7月选举结果，马英九击败党内对手王金平取得国民党主席职位。选战过后，马英九多次表示预留第一副主席职位给王金平，惟王予以拒绝。
马英九上任党主席以后，国民党面对的是12月的县市长选举。由马英九主导的该次选举，国民党一举拿下14席，连同泛蓝县市一共17席。民进党只余下6席，马英九极力辅选的国民党周锡玮且拿下了民进党执政多年，具有指标性的台北县。泛绿长期经营的宜兰县及嘉义市也由国民党拿下。
2005年当选嘉义市长的立委黄敏惠就任市长，依法必须补选一席立委。同时，属泛蓝阵营的台东县长吴俊立因案请辞县长，必须补选县长。嘉义市选民结构绿大于蓝，故该补选被视为泛蓝对泛绿的对决，国民党提名前国大代表江义雄。选举的结果，国民党获得嘉义市一席立委，台东县则由国民党提名的吴俊立前妻邝丽贞当选。
2006年6月的倒扁风潮，马英九倒扁的态度不够明确，不但被支持者指“犹豫不决”，其声望也下滑到新低。据统计，马英九的支持度从4月的71%下滑至51%。同年12月举行台北高雄市长选举。马英九、新党党主席郁慕明协调后，曾任环保署长的新党党员郝龙斌终于返回国民党，并一路击败对手取得最后国民党提名资格且当选台北市市长。惟高雄市方面，国民党提名人黄俊英以些微差距败北。
首长特别费案
主条目：中华民国首长特别费事件
2006年5月起，民进党籍立委谢欣霓、北市议员徐佳青等人，开始质疑并检举马英九特别费。同年8月4日谢欣霓等人向高检署查黑中心检举，指马英九台北市长任内首长特别费，疑遭马英九挪用当成生活费，查黑中心签分“查字第十八号”案，由检察官侯宽仁负责调查。历经七个多月审理，查黑中心在2007年2月13日侦结马英九特别费案，认定马英九报领特别费后存于私帐、没有实际支出，就已构成贪污，台北地检署依贪污治罪条例第五条第一款“利用职务机会诈取财物”将马英九起诉，余文则被依贪污及伪造文书罪起诉。被起诉的同日，马英九正式宣布参选2008年中华民国总统选举，并依承诺辞去中国国民党主席职务，然此案于同年8月17日台北地方法院一审宣判无罪，检方随后提起上诉。2007年12月28日台湾高等法院二审宣判，驳回检方上诉，维持一审无罪判决。 2008年1月3日马英九认为侯宽仁检察官有涉及笔录不实伪造文书的嫌疑而提告侯宽仁。全案经检方提起上诉后，最高法院在2008年4月24日驳回上诉，全案三审定谳，马英九获判无罪。
2008年“总统”选举
2008年1月27日完成登记，以中国国民党候选人身分参选“总统”，并抽签成为二号参选人。3月22日，以765万9014票，58.45％的得票率击败民主进步党的谢长廷，当选“中华民国总统”。
马英九 - 领导人时期
就职：
2008年5月20日，马英九在总统府宣誓就职，正式就任第十二任台湾地区领导人，其后前往台北小巨蛋举行就职大典，并以“人民奋起，台湾新生”为题发表就职演说。就职当晚在高雄市汉来大饭店举行国宴，款待来自世界各地的与会贵宾。5月22日，中国国台办主任陈云林对马英九的就职演说作了回应。
八二三金门谈话：
2008年8月24日在八二三炮战50周年纪念大会中马英九表示，金门与厦门兴建大桥将在年底完成评估，要把金门从战争的记忆，转变为和平的象征，两岸关系的历史机遇，千载难逢，要把和平思维的幼苗种在两岸的每一颗心灵中。
633政见跳票
主条目：633政见
633政见为马英九所提出的选举政见。该633政见内容，即承诺台湾达成经济成长率百分之六、年平均国民所得三万美金以上及整体失业率百分之三以下的经济目标。 2008年9月3日，马英九在墨西哥《太阳报》系集团董事长瓦斯·盖兹专访时坦承选举擎画的633政见无法于短时间内兑现。无法兑现的理由是世界整体经济情势不佳。对于马英九自承633政见无法短时间达成，多数媒体均以“跳票”形容。事后更指出，633政见要在第二任才可能完成。
呛马大游行
马英九上任后，对中国大陆提出的两岸政策被民主进步党等在野政党批评不断后退、自我矮化，且在中国大陆毒奶粉事件及全球金融风暴的应变也被批评毫无章法。因此，民主进步党在2008年10月25日举办游行提出五大诉求（反一中市场、反无能政府、反淘空主权、反一中学历、反黑心商品），以对国际社会表达台湾人民对马政府亲中的不满及愤怒。
第二次陈江会谈
2008年11月4日在台北圆山饭店举行的两岸协商谈判。双方由海峡交流基金会董事长江丙坤与海峡两岸关系协会会长陈云林率领代表团，针对两岸包机直航新航线及增加班次与航点、两岸海运直航、全面通邮、食品安全管理机制，以及面对世界金融风暴两岸如何应对等问题进行协商。是次会谈达成多项共识。主要分为三个部分，一是就第一次陈江会达成的两项协议进行检讨。二是就下午签署两岸空运、海运、邮政、食品安全四项协议最后确认文本。第三就是对未来的两岸关系情势及协商交流议题进行交换意见，并且达成初步共识。
马英九亦在台北宾馆接见海基、海协两会会谈人员。表示，这次两会协商，象征两岸关系向前迈出一大步，这项发展不仅符合两岸人民的期望，也对两岸稳定繁荣做出贡献。然而，台湾社会对于第二次陈江会谈抱持正反不同态度�？挂槿褐诟诔略屏址锰ㄆ诩溆刖绞缺⒘餮逋�。此外，围城行动更造成超过200人受伤，其中包含149名警察。而马英九则发表对反对声音以及抗争活动的回应。
二次江陈会落幕后，民调显示两岸透过协商寻求开放经贸，超过半数的民众表示支持，并肯定江陈协议的内容。但是对于马英九接见陈云林的安排，民众则是评价两极端，依照各自支持的政党，有完全不同的结果。
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